A integridade do córtex isoladamente garante manutenção da consciência, mesmo que haja destruição completa da formação reticular pontomesencefálica, desde que as vias talamocorticais estejam preservadas.

O Locus Ceruleus, estrutura importante do SARA, localizado no tálamo, é considerado o principal centro noradrenérgico do cérebro e, por isso, induz o sono REM.

Os núcleos da rafe, que se dispõem ao longo da linha média do tronco encefálico, contêm neurônios ricos em serotonina e têm atuação importante na homeostase do ciclo sono-vigília, no humor e no controle da dor.

A área tegmental ventral é um núcleo colinérgico fundamental para manter a vigilância; em caso de lesão bilateral nessa área, há perda da ativação ascendente difusa e coma profundo.

O núcleo basal de Meynert do SAA, localizado no prosencéfalo basal, é mediado pela dopamina e se projeta principalmente para o tálamo e o tronco encefálico, sendo, portanto, o principal responsável pelo controle motor e pelo sistema de recompensa.