Há vários tipos de antígenos: completos, incompletos ou haptenos, exógenos, endógenos (autólogos e homólogos). Os antígenos endógenos homólogos são antígenos controlados geneticamente e que distinguem indivíduos de uma mesma espécie. São exemplos: os determinantes antigênicos dos grupos sanguíneos e os antígenos de histocompatibilidade, HLA.