A transmissão da doença é realizada por intermédio dos esporozoítas, formas infectantes do parasita, inoculados no homem pela saliva da macho anofelina infectante.

Esses mosquitos, ao se alimentarem em indivíduos infectados, ingerem as formas sexuadas do parasita – gametócitos – que se reproduzem no interior do hospedeiro invertebrado, durante 8 a 35 dias, eliminando esporozoítas, durante a picada. A transmissão também ocorre por meio de transfusões sangüíneas, compartilhamento de seringas, contaminação de soluções de continuidade da pele e, mais raramente, por via congênita.

A transmissibilidade da infecção ocorre do homem para o mosquito enquanto houver gametócitos em seu sangue.

O homem, quando não tratado, poderá ser fonte de infecção durante mais de 3 anos da malária por P. malariae, de 1 a 3 anos da malária por P. vivax e menos de 1 ano da malária por P. falciparum.

O período de incubação é, em média, de 7 a 14 dias para o P. falciparum, de 8 a 14 dias para o P. vivax e de 7 a 30 dias para o P. malariae.