As auditorias de Gestão, de Programas, Operacional e Gestional são modalidades exclusivas de auditoria externa.

A auditoria de Gestão objetiva verificar a execução dos contratos, convênios, acordos ou ajustes, a probidade na aplicação do dinheiro público e na guarda ou administração de valores e outros bens.

A auditoria de Programas objetiva acompanhar, examinar e avaliar a execução de programas e projetos governamentais específicos, bem como a aplicação de recursos descentralizados.

A Auditoria Operacional atua nas áreas interrelacionadas do órgão, entidade ou empresa, avaliando a eficácia dos seus resultados em relação aos recursos materiais, humanos e tecnológicos disponíveis, bem como a economicidade e eficiência dos controles internos existentes para a gestão dos recursos públicos ou privados.