A cromatografia em colunas é um método muito utilizado para o fracionamento de proteínas. Nele, uma mistura de proteínas em solução é passada através de uma coluna contendo uma matriz sólida porosa. Dependendo da sua interação com a matriz, as proteínas podem ser coletadas separadamente, de acordo com diferentes parâmetros. A cromatografia por gel filtração separa proteínas de acordo com: