O objetivo principal dessa prova é ser um instrumento pedagógico com finalidades classificatórias.

Esse instrumento, por ter sido preparado para avaliar a aprendizagem das crianças após um ano de escolarização, é sempre aplicado ao final do primeiro ano de escolarização do ensino fundamental.

O professor responsável pela turma não participa na aplicação da Provinha Brasil, ficando essa atividade a cargo de atores externos devidamente capacitados.

Essa avaliação diferencia-se das demais que vêm sendo realizadas pelo INEP, pois pode fornecer respostas diretamente aos professores e gestores da escola.