Sondas locus-específicas são úteis para identificar síndromes de microdeleção induzidas por repetições de pequeno número de cópias.

Microarranjo cromossômico apresenta alta especificidade, porém baixa sensibilidade.

FISH não é um método utilizado para diagnóstico de aneuploidia no período pré-natal.

Na leucemia mieloide crônica, o melhor método para detectar a fusão dos genes BRC-ABL é array-CGH.

Pesquisa do gene SRY em homens XX não é detectado por FISH, devido à presença de repetições ALU.