Alguns dos objetivos da farmácia hospitalar, são:

I. Suprir a demanda do hospital, tendo em vista somente a qualidade.

II. Disponibilizar informações independentes, objetivas e apropriadas sobre medicamentos e seu uso racional a pacientes, profissionais de saúde e gestores.

III. Definir especificações técnicas e quantidade dos medicamentos a serem adquiridos, tendo em vista o estoque, os recursos e prazos disponíveis.