A implantação de atividades de monitoramento necessita de uma seleção de indicadores e parâmetros a serem avaliados. No caso do monitoramento da qualidade da água, podem ser utilizados biomarcadores para se detectar a presença de poluentes.

O monitoramento ambiental é o processo de coleta de dados, estudo e acompanhamento contínuo e sistemático das variáveis ambientais, com o objetivo de identificar e avaliar qualitativa e quantitativamente as condições dos recursos naturais.

Nas unidades de conservação, o monitoramento ambiental fornece dados sobre a situação ambiental, socioeconômica e institucional, sendo ferramenta essencial para o manejo dessas áreas.

As variáveis sociais, econômicas e institucionais não são passíveis de estudo e avaliação no monitoramento ambiental, dada a sua complexidade e difícil mensuração da interferência no meio ambiente.

O monitoramento ambiental, sendo ferramenta de controle e avaliação, subsidia medidas de controle, recuperação, conservação e preservação do meio ambiente, auxiliando na definição de políticas ambientais.