O componente básico é financiado pelo Ministério da Saúde e Estados.

O componente especializado é financiado integralmente pelo Ministério da Saúde.

O componente estratégico tem origem de financiamento apenas no Ministério da Saúde.

O componente especializado é subdividido em 3 grupos que diferem quanto a forma de financiamento, sendo o Grupo 2 de responsabilidade dos Estados, do Distrito Federal e municípios.

O financiamento do Grupo 1 do componente especializado é tripartite: Ministério da Saúde, Estados e Municípios.