O método de imunofluorescência indireta se caracteriza-se pela reação de um anticorpo com um antígeno produzido indiretamente pela proteína alvo.

O método de imunofluorescência indireto requer um anticorpo secundário, conjugado a um fluoróforo, que reaja contra imunoglobulinas da espécie em que o anticorpo primário foi produzido.

O método de imunofluorescência indireto é mais rápido e de menor complexidade que o direto.

O método de imunofluorescência direto possui maior sensibilidade e por consequência há um aumento na chance de haver ligações inespecíficas.