Devido ao aumento do risco de perfuração intestinal, a ileocolonoscopia completa geralmente não é recomendada no caso de colite aguda grave. A retossigmoidoscopia flexível pode ser realizada com segurança para estabelecer diagnóstico de retocolite ulcerativa, nesses pacientes.

Considerando-se o caráter hereditário das doenças inflamatórias intestinais, os testes genéticos têm alto valor tanto no diagnóstico, quanto na diferenciação entre retocolite ulcerativa e doença de Crohn.

Em razão do risco de impactação da cápsula endoscópica, a investigação do intestino delgado nos pacientes recém-diagnosticados com doença de Crohn é reservada aos pacientes com sinais de má absorção.

Os valores de calprotectina fecal correlacionam-se bem com os índices endoscópicos de atividade da doença e são, portanto, importantes para a resposta ao tratamento, porém, não têm valor no diagnóstico inicial ou na investigação de recidiva.

A investigação de doença de Crohn nos pacientes com abscesso perianal ou fístula complexa não é custo-efetiva e deve ser reservada aos pacientes com outras manifestações, como diarreia ou dor abdominal.