Na desinfecção podem ser utilizados agentes físicos (calor, radiação) e químicos (produtos da química mineral, orgânica sintética e orgânica natural).

A escolha do desinfetante deve priorizar um produto de amplo espectro, eficiente diante da presença de matéria orgânica, com poder residual prolongado e com uma relação custo benefício favorável.

Os desinfetantes devem possuir baixa toxidade, estabilidade em condições adversas de pH, elevada penetrabilidade e não causar efeitos adversos ao meio ambiente.

Deve-se lavar a estrutura e os equipamentos do aviário com solução de água destilada e desinfetante, utilizando-se de jatos fortes em movimentos circulares.