Um dos limites da descentralização é a falta de regulação federal sobre ela, o que faz com que as políticas públicas municipais sejam heterogêneas entre as diversas regiões do país.

Um dos motivos que garantiu a descentralização do Sistema Único de Saúde no Brasil foi a inexistência de encargos sociais compartilhados entre os governos.

O tipo de descentralização político-administrativo garante a transferência da gestão de serviços públicos para estados e municípios, mas não do poder decisório e da responsabilidade sobre o conjunto de prestadores do Sistema Único de Saúde.

A descentralização do Sistema Único de Saúde esbarra em dificuldades institucionais de financiamento, e o próprio avanço do processo evidencia problemas estruturais do sistema de saúde.

O tema da descentralização do sistema de saúde brasileiro se inicia com a 8ª Conferência Nacional de Saúde, de 1986, com o intuito de garantir a democratização na Constituição de 1988 e incorporação da participação popular.