Pneumonite por hipersensibilidade pode ser diferenciada de outras doenças clinicamente semelhantes, mas as fisiopatologias são diferentes, como:
I. A síndrome da poeira tóxica orgânica (micotoxicose pulmonar, febre de grãos), por exemplo, é uma síndrome constituída por febre, calafrios, mialgias e dispneia, que não requer sensibilização anterior e que se admite ser provocada pela inalação de toxinas produzidas por fungos ou outros contaminantes da poeira orgânica.
II. A doença do carregador de silo pode causar insuficiência respiratória , síndrome do desconforto respiratório agudo e bronquiolite obliterante ou bronquite, mas é desencadeada pela inalação de óxidos de nitrogênio tóxicos, produzidos pela silagem de alfafa ou milho recentemente fermentado.
III. A asma ocupacional causa dispneia em indivíduos sensibilizados a antígeno inalado, assim como a pneumonite, há obstrução de vias, eosinofilia, mas há diferenças nos antígenos deflagradores.
É correto o que se apresenta em