Os cerrados recobrem a maior parte do Mato Grosso do Sul. Na planície do Pantanal surge o chamado Complexo do Pantanal, revestimento vegetal que combina cerrados e campos e sua drenagem é feita pelas bacias dos rios Paraná, Paraguai e seus afluentes.

O complexo do Pantanal é uma região geográfica que envolve terrenos de grandes chapadas que formam o relevo do Estado.

Três grandes bacias hidrográficas drenam geograficamente o estado. A bacia do rio Cuiabá, que nasce no planalto da baixada do Pantanal, o rio Sucuriú, que corta o estado de leste a oeste e, principalmente, o rio Paraguai que, além de drenar o Pantanal, drena a região de Aquidauana.

Mato Grosso do Sul apresenta dois climas dominantes, o Tropical na porção sul do estado, com temperaturas inferiores a 18ºC e o clima Temperado ao norte e leste. Nesta região, a característica marcante é a estiagem com secas no verão e chuvas no inverno.

O Mato Grosso do Sul tem duas características regionais marcantes: chapadas na porção oeste e o pantanal, que drena toda a região leste. Seu clima é quente o ano todo, embora sofra quedas de temperatura durante o curto inverno no sul do Estado.