A Apex-Brasil submete-se ao controle externo por parte do Congresso Nacional, que fiscaliza as contas e a gestão da entidade com o apoio do Ministério da Transparência e Controladoria-Geral de União (CGU).

A Apex-Brasil, assim como as demais entidades integrantes do serviço social autônomo, está obrigada a utilizar o Siafi, sob pena de responsabilização pessoal de seus dirigentes.

As fontes de receita da Apex-Brasil têm natureza de imposto e devem estar previstas na Lei Orçamentária Anual elaborada pelo Congresso Nacional.

Por se tratar de pessoa jurídica de direito privado, a Apex-Brasil não está sujeita à fiscalização externa, em razão do princípio da independência entre os poderes.

Não há obrigatoriedade em se usar o Sistema Integrado de Administração Financeira (Siafi), pois a maior fonte de recursos da Apex-Brasil são receitas recebidas por conta da Lei nº 8.029/1990, que não transitam pelo Orçamento Geral da União.