O presidente da República pode enviar ao Congresso Nacional mensagem que modifique o projeto de lei orçamentária, desde que não esteja concluída a votação da parte cuja alteração estiver sendo proposta.

Apesar do fortalecimento do Poder Legislativo após a CF, o Congresso Nacional pode delegar ao presidente da República a elaboração de legislação, incluída a edição de medida provisória que verse sobre os PPAs, as diretrizes orçamentárias e os orçamentos.

O Poder Judiciário pode elaborar sua proposta orçamentária independentemente dos limites estabelecidos na LDO, dada a sua autonomia financeira e administrativa, assegurada pela CF. Essa proposta deve ser encaminhada ao Congresso Nacional pela Presidência da República.

O Poder Legislativo pode apresentar emendas para aumentar as despesas do orçamento mediante a anulação de outras despesas ou a reestimativa de receitas. As emendas aos projetos de LOA, compatíveis com o PPA e a LDO, podem incidir sobre dotações para pessoal, serviços da dívida e transferências constitucionais para os entes da Federação.

A LDO determina o que o projeto de lei orçamentária anual deve conter, como deve estar organizado e como deve ser apresentado pelo Poder Executivo ao Poder Legislativo. Entre as regras para elaboração do orçamento do ano seguinte, determinadas pela LDO, destaca-se a inclusão dos recursos necessários para aplicação mínima em ações e serviços públicos de saúde.