Em relação a estruturação e organização, a viabilização de uma estrutura organizacional de coordenação ou gerência responsável pela Assistência Farmacêutica, de forma centralizada, é imprescindível para a efetivação das ações de sua competência. Esta estrutura deve ser dotada de recursos físicos, humanos e tecnológicos adequados e subordinada diretamente ao Conselho de Saúde.

O acompanhamento e a avaliação continuada das ações desenvolvidas constituem uma estratégia imprescindível para a gestão, aperfeiçoamento e consolidação do modelo de Assistência Farmacêutica, compartilhado entre União, Estados e Municípios.

O acesso aos medicamentos depende de um financiamento sustentável, realista e responsável do ponto de vista fiscal. Deste modo, o financiamento da Assistência Farmacêutica é de responsabilidade das três esferas de gestão do SUS e pactuado na Comissão Intergestores Bipartite (CIB).

Há vários instrumentos institucionalizados para o planejamento e execução das ações e programas de saúde nas esferas estaduais e municipais, tais como Plano Estadual de Saúde (PES), Plano Plurianual (PPA), Lei Orçamentária Anual (LOA) e Programação Pactuada e Integrada (PPI). Em relação a esta última, é definido constitucionalmente a aplicação de 15% do orçamento da saúde para o financiamento da Assistência Farmacêutica.

Para um gerenciamento eficiente é necessário a adoção de um sistema de informações que reflita a realidade dos serviços, disponibilizando indicadores seletivos e específicos, definidos exclusivamente pelo gestor da AF local, que auxiliem na qualificação do processo de decisão e na racionalização da aplicação dos recursos.