O controle de qualidade higiênico-sanitária é restrito à realização de análises microbiológicas do produto final, sendo dispensável o monitoramento das etapas do processo produtivo quando houver laudo laboratorial satisfatório.

As BPF se concentram, exclusivamente, nas condições estruturais da edificação, dos equipamentos e da higiene e limpeza do local, porém não abrangendo procedimentos operacionais, controle de matérias-primas ou capacitação de manipuladores da Unidade de Alimentação e Nutrição (UAN).

As BPF consistem em procedimentos sistematizados que abrangem controle de matérias-primas, higiene dos manipuladores, qualificação de fornecedores, monitoramento de etapas críticas, rastreabilidade e documentação, com o objetivo de prevenir perigos físicos, químicos e biológicos antes da obtenção do produto final.

A implementação das BPF é facultativa para estabelecimentos de pequeno porte, desde que apresentem alvará sanitário vigente, estejam devidamente regularizados junto aos órgãos competentes e não possuam histórico de notificações ou registros de surtos alimentares que comprometam a segurança dos alimentos oferecidos.

O controle higiênico-sanitário se baseia prioritariamente na inspeção visual das condições ambientais, sendo a padronização documental e os registros operacionais elementos secundários no sistema de qualidade.