Filhos de pais com DII têm risco aumentado para o desenvolvimento de doença inflamatória intestinal, sendo o risco maior para a retocolite ulcerativa e se ambos os pais forem afetados.

Em relação ao tratamento durante a gestação, a exposição fetal à maioria dos medicamentos para DII é considerada de baixo risco para o bebê, sendo, no entanto, o metotrexato contraindicado.

A intervenção cirúrgica deve ser postergada nas pacientes gestantes com complicações, como doença refratária ao tratamento medicamentoso, hemorragia ou abscesso, sendo que a preferência, nesses casos, é por condutas suportivas e clínicas, pelo risco aumentado de complicações pós-cirúrgicas para a paciente e para o feto.

A gravidez pode influenciar o curso geral da DII negativamente: com o aumento da paridade, a necessidade de intervenções cirúrgicas aumenta.

Por terem um risco global aumentado para resultados adversos da gravidez e durante o parto, as pacientes com DII devem ser submetidas à cesárea como via de parto.