A digestão das esponjas é extracelular, no próprio coanócito, em vacúolos digestivos, ou pode ser transferido aos amebócitos (ou arqueócitos) que circulam levando as substâncias para outras células.

As esponjas utilizam células dinoflageladas chamadas espongiócitos que promovem a circulação da água através de um sistema de canais exclusivo do filo.

Quase todas as esponjas litorais são incrustantes, formando camadas de espessura variada em substratos duros, em geral rochas, mas também em madeiras, metal ou cimento. As poucas espécies encontradas em substratos móveis como lama, areia ou cascalho são geralmente eretas e finas para evitar o soterramento pelo sedimento, podendo ter um pedúnculo ou raiz para ancoragem no substrato.

As esponjas coralinas apresentam um esqueleto espesso de cristais de carbonato de silício sobre uma rede de fibras orgânicas.

Nas esponjas, entre a ectoderme e a endoderme encontramos o mesoderme que contém a matriz protéica gelatinosa, células e substâncias esqueléticas.