O uso das vacinas conjugadas contra o pneumococo reduz a incidência de otites médias agudas causadas pelas cepas vacinais, mas seu impacto na redução global do número de episódios de otite é baixo, dado o fenômeno da substituição, ou seja, um aumento proporcional de casos de otites médias agudas por Hemophillus, por Moraxella e por cepas não vacinais de pneumococo.