O processo de seleção estabelece prioridades, de acordo com critérios sanitários, epidemiológicos e econômicos predefinidos, selecionando medicamentos na seguinte ordem de prioridade: 1) aqueles que sejam de baixo custo e fácil aquisição, 2) os mais eficazes (preferencialmente os produtos de referência), 3) com melhor perfil de segurança e, 4) aqueles que apresentem maior comodidade e flexibilidade de prescrição, que atendam um maior espectro de doenças da população, o que resultara em benefícios terapêuticos e econômicos.

Na seleção prioriza-se os medicamentos que apresentem fármacos em associação como forma de ampliar o espectro de ação do medicamento e facilitar a adesão do tratamento.

A adoção de uma Comissão de Farmácia e Terapêutica (CFT) é considerada uma das estratégias fundamentais para a seleção de medicamentos no âmbito local e nas instituições de saúde. Na esfera estadual ou municipal, esta Comissão é um órgão colegiado de caráter multidisciplinar, com a finalidade de assessorar o gestor de saúde e a equipe, mas as vezes pode desempenhar ações gerenciais de coordenação da Assistência Farmacêutica local.

Entre as vantagens da seleção de medicamentos, destacam-se: a) a possibilidade de contribuir para eficiência no gerenciamento do Ciclo da Assistência Farmacêutica, b) a disponibilização de medicamentos eficazes e seguros, voltados para as necessidades da população, c) a contribuição para promoção do uso racional de medicamentos, d) a racionalização de custos e otimização dos recursos disponíveis e, e) a possibilidade de uniformização de condutas terapêuticas, por intermédio da adoção de protocolos e formulários terapêuticos.

Atualmente no SUS não se utiliza mais como parâmetro para seleção a Relação Nacional de Medicamentos Essenciais (Rename), sendo preferível a adoção da lista da Ata de Preços de medicamentos.