No início da década de 1990, os recursos da Seguridade foram garantidos com repasses frequentes da União, levando a uma estabilidade nas políticas de saúde e de assistência.

Logo após o surgimento do Sistema Único de Saúde, em 1990, um dos fatores que garantiu seu financiamento em um primeiro momento foi a incorporação do Instituto Nacional de Assistência Médica da Previdência Social (Inamps) ao Ministério da Saúde.

Apesar das restrições orçamentárias do início da década de 1990, foram desencadeadas estratégias relevantes, como o Programa de Agentes Comunitários de Saúde e o fornecimento nacional da terapia antirretroviral para pessoas com AIDS.

Com a promulgação da Lei Orgânica da Saúde, fixaram-se diretrizes de financiamento com base na descentralização dos recursos para o município, iniciando-se assim a descentralização e regionalização do Sistema Único de Saúde.

Apesar da existência de uma disputa entre os reformistas e o governo, a aprovação da Lei Orgânica da Saúde (Leis nº 8.080/1990 e nº 8.142/1990) sem vetos garantiu uma política de recursos humanos e de financiamento para o Sistema Único de Saúde.