A presidência do TJSE é exercida por um desembargador, eleito por dois anos, admitida a reeleição para o mesmo cargo.

A designação de juízes-corregedores para auxiliar o corregedor-geral da justiça é feita por tempo determinado.

O TJSE funciona, ordinária ou extraordinariamente, em Tribunal Pleno, câmaras cíveis e criminais, sessões e Plenário, conforme dispõe o seu regimento interno.

O Tribunal Pleno, em suas sessões, será presidido pelo presidente do tribunal e, no seu impedimento, sucessivamente, pelo vice-presidente e pelo corregedor-geral da justiça.

A Câmara Especial de Férias é composta por desembargadores, ou por quem os estiver substituindo, designados pelo presidente do tribunal, podendo qualquer deles recusar a indicação, caso em que caberá ao presidente do tribunal convocar um substituto.