a grande resistência por parte dos Institutos Isolados de Ensino Superior da rede privada instalados nos municípios em que a Unesp, em razão da reorganização de seus campi, passaria a se estabelecer.

as faculdades do interior paulista mais distantes da capital, que temiam a instalação da Reitoria da futura Unesp em Fernandópolis, em razão das constantes disputas de terra que ocorriam no Oeste Paulista.

a falta de apoio da Assembleia Legislativa de São Paulo, motivo pelo qual o então governador do Estado utilizou-se do expediente da “Lei Delegada” para proceder à criação da Unesp.

a disputa política travada pela Universidade de São Paulo – USP, que tinha a intenção de incorporar todos os campi dos 19 municípios inicialmente participantes do projeto da Unesp.

o jornal O Estado de S. Paulo, que, com a publicação de artigos e editoriais, manifestava desconfiança em relação ao que considerava uma expansão desregrada do ensino superior no interior do Estado.