Pode se dar em decorrência de baixa ingestão de água e algum distúrbio metabólico, mas nunca pela associação destes dois fatores.

Em casos de hipercalciúria idiopática, os níveis de cálcio sérico e paratormônio sofrem muitas alterações.

A formação de cálculos é o resultado da ocorrência isolada ou em conjunto de três mecanismos principais: aumento na concentração urinária de solutos, diminuição de inibidores da cristalização e aumento de substâncias ou condições promotoras da formação de cálculos.

A hipercalciúria tem herança de padrão autossômico recessivo, na qual há um grave defeito na absorção intestinal e na reabsorção tubular da cistina e de vários outros aminoácidos.