O Programa de Medicamentos Excepcionais existe desde 1993 e, desde então, muitas inclusões e exclusões foram realizadas. No início de 1999, foi implantado um gerenciamento que tem sido bastante eficiente e tem gerado bons resultados, alicerçados na ampliação do financiamento, no controle nominal de pacientes e no estrito monitoramento do comportamento do mercado farmacêutico — que define o valor de tabela de cada medicamento e o adequado gerenciamento da prescrição e fornecimento dos medicamentos. Foram elaborados protocolos clínicos e diretrizes terapêuticas para cada um dos medicamentos, o que racionaliza sua prescrição e dispensação.