a necessidade de uma pequena área para sua implementação, principalmente para os métodos aeróbicos;

o difícil controle da população de microorganismos, que requer rigoroso acompanhamento das condições de pH, temperatura e nutrientes;

o fato dos microorganismos não alterarem seu metabolismo mesmo que ocorram alterações no ambiente;

a necessidade de um tempo relativamente curto para que os efluentes atinjam padrões exigidos;

a capacidade dos microorganismos de degradar qualquer substância.