Para o adequado atendimento de estudantes com Doença Celíaca, é recomendado dispor de utensílios exclusivos e adotar procedimentos para evitar a contaminação cruzada.

No caso de estudantes com alergias alimentares, a aquisição de produtos sem alérgenos para toda a rede de ensino é obrigatória.

Para estudantes com Diabetes, recomenda-se que os cardápios sejam planejados sem a oferta de frutas e que os cereais refinados sejam substituídos por cereais integrais.

O Caderno de Referências sobre Alimentação Escolar para Estudantes com Necessidades Alimentares Especiais recomenda que no fluxo de acolhimento dos estudantes com necessidades especiais, o atendimento na escola seja centrado no nutricionista, que deve acolher o responsável pelo aluno com necessidades alimentares especiais, receber o atestado médico e conferir se ele está completo.

De acordo com a Lei n° 12.982 de 2014, os alimentos destinados à elaboração de cardápios para estudantes com necessidades alimentares especiais são dispensados de processos licitatórios.