Na suspeita de aspergilose pulmonar invasiva, recomenda-se dosar galactomanana no lavado broncoalveolar, pois seu rendimento diagnóstico é maior quando comparado com a biópsia transbrônquica.

Nas regiões endêmicas para tuberculose, recomenda-se coleta de lavado broncoalveolar, com ou sem biópsia transbrônquica, focando em culturas, baciloscopia e PCR.

Na investigação de P. Jiroveci, o lavado tem baixo rendimento diagnóstico.

A pesquisa de PCR para Legionella tem sensibilidade altíssima.

Se houver suspeita de sarcoidose pulmonar, recomenda-se a realização de biópsia transbrônquica.