Estes programas devem ser capazes de realizar a compensação de fluorescências, onde eliminamos a sobreposição dos espectros dos fluorocromos utilizados. A compensação de fluorescências é mais indicada quanto maior o número de espectros de fluorescências diferentes utilizados no experimento.

Tais programas devem ajustar as voltagens dos detectores de tamanho e granulosidade, de maneira que possamos colocar as células no campo visual. Para isto, devemos alterar os parâmetros de amperagem dos detectores de dispersão lateral (side scatter, SSC) e os parâmetros de voltagem dos detectores de dispersão frontal (forward scatter, FSC).

Tais programas devem ser capazes de retirar as células que não nos interessam em nosso experimentos, criando valores críticos (threshold) de contagem de eventos. O valores de threshold podem ser estimados apenas para os detectores de tamanho e granulosidade (side scatter, SSC e forward scatter, FSC).

Não são capazes de definir a população de células de interesse e incluí-las em portão (gate) de análise para que toda a análise subsequente seja feita somente a partir das células de interesse.

São capazes de ajustar as voltagens dos detectores de fluorescência de forma que tenhamos certeza que os detectores estão detectando as diferentes intensidades dos comprimentos de onda utilizados. Para isto, usamos células sabidamente positiva para os fluorocromos em questão.