A doença começa com inflamação das criptas e dos abscessos, que progridem para pequenas úlceras aftoides. Essas lesões da mucosa podem evoluir para úlceras profundas transversais e longitudinais com edema mucoso entre as úlceras, criando, no intestino, aspecto característico de pedra de calçamento. Está doença é colite ulcerativa.

Caso as ulcerações se estendam proximalmente, as fezes tornam-se mais amolecidas e o paciente pode apresentar > 10 evacuações por dia, geralmente com cólicas intensas e tenesmo significativo, de dia e de noite. As fezes podem ser aquosas e conter muco ou com frequência consistirem inteiramente em sangue e pus. Sintomas em Doença de Crohn.

Abscessos são comuns e fístulas frequentemente penetram estruturas vizinhas, incluindo outras alças intestinais, bexiga ou o músculo psoas. As fístulas podem mesmo se estender para a pele do abdome anterior ou flancos. Independentemente da atividade da doença intra-abdominal, abscessos e fístulas perianais ocorrem em 25 a 33% dos casos; essas complicações são frequentemente o aspecto mais preocupante da doença de Crohn.

Os termos megacólon tóxico e dilatação tóxica são desencorajados porque o estado inflamatório tóxico e suas complicações podem ocorrer sem um megacólon evidente (definido quando o diâmetro do cólon transverso > 6 cm durante uma exacerbação). Observado em Doença de Crohn.

Granulomas não caseosos podem ocorrer em linfonodos, peritônio, fígado e todas as camadas da parede intestinal. Embora patognomônicos quando presentes, os granulomas não são detectados em aproximadamente metade dos pacientes com colite ulcerativa. Sua presença parece não ter relação com o curso clínico.