As malformações congênitas associadas são raras.

A dissecção do esôfago proximal pode ser feita amplamente para evitar anastomose sob tensão, uma vez que o suprimento sanguíneo deste segmento é grande.

O coto distal deve ser dissecado com maior precaução devido a sua irrigação deficitária;

A ligadura da veia ázigos nem sempre é necessária.

Na atresia de esôfago tipo C, a broncoscopia pré-operatória tem sido indicada para definir posição da fístula traqueoesofágica (TE) distal, pesquisar traqueomalácia, pesquisar associação com fenda esofagotraqueal e detectar presença de fístula TE proximal.