A diferença essencial entre uma organização supranacional e uma intergovernamental reside em que, na primeira, as normas emanadas dos órgãos de decisão penetram nas ordens jurídicas dos Estados de forma direta (em geral) e seus destinatários são os Estados e os indivíduos dos Estados. Já nas organizações intergovernamentais, a internalização das normas nas ordens jurídicas internas é necessária para que as normas sejam aplicáveis aos indivíduos.

A diferença essencial entre uma organização supranacional e uma intergovernamental reside em que, na primeira, os órgãos de decisão estão formados por funcionários internacionais (essencialmente). Já nas organizações intergovernamentais, os órgãos de decisão estão formados por representantes dos Estados membros e recebem influência deles.

A diferença essencial entre uma organização supranacional e uma intergovernamental reside em que, na primeira, os órgãos de decisão adotam decisões de forma mais independente dos Estados membros (por maioria absoluta ou qualificada). Já nas organizações intergovernamentais, as decisões são adotadas principalmente por consenso ou unanimidade.

A diferença essencial entre uma organização supranacional e uma intergovernamental reside em que, na primeira, o órgão que adota as decisões é quem celebra os tratados de adesão com outros Estados. Já nas organizações intergovernamentais, a celebração de tais tratados depende do voto unânime dos Estados Partes.

A diferença essencial entre uma organização supranacional e uma intergovernamental reside em que a primeira possui personalidade jurídica internacional, enquanto a segunda não.