Para o cumprimento de suas atribuições e alcance de suas finalidades, o SCIPEF deve realizar suas atividades com foco nos resultados da ação governamental, para o que deve utilizar metodologia de planejamento definida pelo Poder Legislativo, com ênfase na visão dos programas finalísticos de governo como fator básico de organização da função pública, e na gestão pública como mobilização organizacional para o alcance desses resultados.

Nenhum processo, documento ou informação pode ser sonegado aos servidores do Sistema de Controle Interno, no desempenho de suas atribuições inerentes às atividades de auditoria e fiscalização, podendo seus servidores dar ampla transparência das informações obtidas, usando nos relatórios apenas informações de caráter consolidado, sempre com a identificação de pessoa física ou jurídica relacionada.

Quando ocorrer prejuízo à União, os órgãos e as unidades do SCIPEF deve comunicar esse fato ao Ministério Público Federal, para que este adote as providências de sua competência com vistas ao ressarcimento ao erário.

Os órgãos e as unidades do SCIPEF, nos seus trabalhos de fiscalização e auditoria, devem verificar se o objeto pactuado, nos instrumentos em que a União assume compromissos, com previsão de transferência de recursos financeiros de seus orçamentos para estados, Distrito Federal e municípios, foi executado, obedecendo aos respectivos projetos e planos de trabalho, conforme conveniado, e se sua utilização obedece à destinação prevista no termo pactual.

Os órgãos e as unidades do SCIPEF, ao desempenhar os trabalhos que lhe competem, constatando indícios de irregularidades, devem comunicar o fato diretamente ao Tribunal de Contas da União, dando também ciência ao ministro supervisor da unidade gestora ou entidade repassadora dos recursos e aos respectivos órgãos de controle interno e externo dos entes recebedores, para que sejam tomadas as providências de suas competências.