Para estabelecer o diagnóstico da doença intestinal inflamatória, o médico deve primeiro excluir outras possíveis causas da inflamação. Por exemplo, as infecções por parasitas ou bactérias podem causar inflamação. Portanto, o médico não realiza exames e somente faz a avaliação clínica.

É possível que amostras de tecido do revestimento do trato digestivo sejam coletadas durante uma endoscopia (um exame do trato digestivo que utiliza um tubo de visualização) para serem examinadas ao microscópio na tentativa de encontrar evidências de outras causas da inflamação do cólon (colite) ou inflamação da última parte do intestino delgado (íleo). Essa remoção e exame de tecido é chamada biópsia.

Embora não haja cura para a DII, muitos medicamentos (Medicamentos que reduzem a inflamação intestinal causada pela colite ulcerativa), incluindo aminossalicilatos, corticosteroides, medicamentos imunomoduladores, agentes biológicos e antibióticos, podem ajudar a reduzir a inflamação e aliviar os sintomas de DII.

A maioria das pessoas e suas famílias têm interesse em dietas e no controle do estresse. Embora algumas pessoas aleguem que certas dietas as ajudaram a melhorar sua saúde, incluindo dietas com restrições rígidas de carboidratos, essas não têm se mostrado eficazes em estudos clínicos. Às vezes, o médico recomenda técnicas de controle do estresse para ajudar a pessoa a lidar com a tensão de ter uma doença crônica.

A mulher com DII e que não estiver tomando medicamentos imunomoduladores deve realizar exames preventivos para o câncer de colo do útero com um exame de Papanicolau a cada três anos. A mulher com DII e que estiver tomando medicamentos imunomoduladores deve realizar um exame de Papanicolau todo ano.