A história natural da doença tem desenvolvimento em dois períodos seqüenciados: o período epidemiológico e o período patológico. No primeiro, o interesse é dirigido para as relações suscetível-ambiente; no segundo, interessam as modificações que se passam no organismo vivo. Abrange, portanto, dois domínios interagentes, consecutivos e mutuamente exclusivos, que se completam: o meio ambiente, onde ocorrem as pré-condições, e o meio interno, locus da doença, onde se processaria, de forma progressiva, uma série de modificações bioquímicas, fisiológicas e histológicas, próprias de uma determinada enfermidade. Alguns fatores são limítrofes. Situam-se, de forma indefinida, entre os condicionantes pré-patogênicos e as patologias explícitas. São anteriores aos primeiros transtornos vinculados a uma doença específica, sem se confundir com a mesma e, ao mesmo tempo, são intrínsecos ao organismo do suscetível.
O período de patogênese pode ser dividido em três etapas: subclínica, clínica e de incapacitação.