Não é possível considerar que os três níveis gestores sejam responsáveis pelo financiamento do SUS, pois estados e municípios dependem do repasse de recursos federais e de impostos transferidos pela União.

A Emenda Constitucional n.º 29, que deveria estabelecer o montante de recursos destinados à saúde, limitou-se a preconizar o aumento dos recursos aplicados, sem definir montantes ou percentuais.

A comissão intergestores tripartite (CIT), formada paritariamente por membros do MS e por representantes do CONASS e do CONASEMS, representa a principal via de participação de estados e municípios na política nacional de saúde.

Tanto na CIT quanto nas comissões intergestores bipartite (CIB), as decisões se dão por maioria absoluta dos votantes, sendo proibido o voto secreto.

Os conselhos municipais e estaduais de saúde devem obedecer às decisões das CIB.