A metodologia de cromatografia de troca iônica (IEX) é utilizada para separação por cargas. Em uma coluna de intercâmbio catiônico, o leito possui carga positiva e ficam adsorvidas as moléculas com carga negativa.

A cromatografia por afinidade baseia-se na capacidade de dadas moléculas se ligarem a moléculas específicas. É utilizada, por exemplo, para separar moléculas através de interações enzima-substrato ou antígeno-anticorpo.

A cromatografia de interação hidrofóbica (HIC) baseia-se nas propriedades hidrofóbicas de algumas moléculas. A separação destas da coluna pode ser efetuada através da oscilação de concentração do sal ou pela adição dos solventes apropriados

A cromatografia por permeação em gel (gel exclusão) separa as biomoléculas com base no seu tamanho. O leito cromatográfico (bed) empacotado é constituído por uma matriz de pequenas esferas porosas (bead).

A técnica de salting out consiste na utilização de uma solução de elevada concentração de sal que compete com as proteínas na ligação à coluna. Como esta tem maior afinidade para a carga dos sais em relação às proteínas, estas acabam por ser libertadas, mantendo-se os sais ligados à coluna. As proteínas serão libertadas de acordo com o aumento gradual da concentração de sal.