Os estabelecimentos agroindustriais devem estar situados em locais livres de acúmulo de lixo, mas podem ser aproveitados lugares que, no passado, foram provenientes de aterro de lixo ou outros resíduos químicos ou biológicos que estão encobertos.

O terreno previsto para as dependências agroindustriais pode estar situado em local com depressões ou desníveis, bastando que se façam adaptações na construção para a contenção das águas provindas de chuvas fortes.

Os resíduos industriais originários de produtos químicos e biológicos podem causar contaminação do lençol freático, além de poderem ser carreados pelo vento, sob a forma de partículas leves, para o interior das áreas de processamento, contaminando matériasprimas, produtos em processamento e produtos acabados.

O cuidado com as separações das sessões internas da agroindústria é de vital importância. Entretanto, isso não se aplica ao contato principal da agroindústria com o meio externo, desde que haja apenas uma porta de acesso para a entrada dos manipuladores de alimentos.

O planejamento da planta baixa de uma agroindústria está dissociado da setorização da fábrica. A planta existe tão somente para garantir a compartimentação das atividades, de modo a minimizar as possibilidades de contaminação cruzada.