As mudas de espécies umbrófilas necessitam de luz solar na maior parte do seu ciclo de vida. Porém, antes de irem para o campo, exigem um sombreamento parcial para complementar o seu desenvolvimento.

Ao redor dos viveiros, podem ser plantadas espécies de árvores com função de formarem cortinas (quebra-vento) para proteger as mudas contra a ação dos ventos e fazer sombra nos canteiros de mudas para protegê-las contra os raios solares. Jamais se deve utilizar as mesmas espécies que estão sendo produzidas no viveiro.

O viveiro deve ser instalado em local ensolarado. Os raios solares contribuem para a rustificação dos tecidos, tornando as mudas mais robustas e resistentes. Se houver necessidade de sombra, pode-se lançar mão de abrigos, como o sombrite.

A declividade da área deverá ser de, no máximo, 2%, para evitar erosão. Um leve declive é recomendado para o escoamento da água. Os canteiros devem ser instalados em nível, perpendiculares à movimentação da água.

O viveiro deverá ser implantado em uma região rica em água. Os quantitativos de cálcio, sódio e boro nessa água deverão ser superiores a 400 ppm (partes por milhão).

O viveiro deverá ser localizado longe de cidades, de rodovias de fácil acesso e quando possível distante também das áreas de plantio. A proximidade de cidades e o fácil acesso podem contribuir para a deterioração das mudas no viveiro, em função da presença constante de pessoas estranhas. Por outro lado, a área de plantio distante evita a transmissão de doenças presentes no viveiro.

Para a Amazônia, o sistema agroflorestal é indicado, sobretudo, para as várzeas, onde os solos são pobres, e para as áreas de terras altas, onde os solos são férteis. Nas áreas de terras altas, deve-se priorizar as espécies agrícolas em detrimento das florestais.

A diversificação de espécies vegetais em um sistema agroflorestal contribui para inibir a propagação de insetos causadores de doenças. Em contrapartida, a maior umidade do ar que normalmente reina nessas áreas poderá favorecer o crescimento de fungos daninhos.

De forma geral, os sistemas agroflorestais têm inúmeras vantagens, mas, em contrapartida, também apresentam com freqüência uma desvantagem: a matéria orgânica retorna ao sistema em piores qualidades e menor quantidade.

Tendo como indicadores para implantação de um sistema agroflorestal o perigo de erosão e a fertilidade do solo, se uma área apresenta fertilidade do solo limitada e suscetibilidade a erosão, então o manejo florestal deve ser privilegiado em detrimento do cultivo agrícola.