Nas reações de imunofluorescência direta ou indireta, ocorre o fenômeno da fluorescência, o qual consiste na capacidade de certas moléculas (fluoróforos) absorverem energia de uma fonte de luz incidente e converter essa energia em fótons de luz de diferentes características.

A detecção por imunoistoquímica de formas amastigotas de Leishmania em cortes fixados por formalina tamponada e embebidos em parafina tanto de tecidos humanos como de cães tem sido descrita e rotineiramente utilizada em muitos laboratórios.

No câncer bucal, a imunoistoquímica não se tem apresentado muito eficiente devido à falta de genes específicos alterados nessa doença.

Técnicas de imunoistoquímica como métodos de diagnóstico se tornaram específicas a partir da utilização da técnica de peroxidase-antiperoxidase e têm sido utilizada no diagnóstico pós-morte de diversos agentes infecciosos, particularmente do Toxoplasma gondii.

Para diagnosticar determinadas doenças, é necessário que as amostras sejam coletadas, fixadas em formol 10% e incluídas em parafina, o que facilita o transporte e a integridade do material para ser enviado aos centros de referência de diagnóstico, porém, isso inviabiliza o uso de imunofluorescência tanto direta quanto indireta.

Um dos métodos clássicos para o diagnóstico da raiva é a imunofluorescência indireta, com o emprego de um conjugado antirrábico policlonal antirribonucleico.

A técnica de imunocitoquímica pré-inclusão é a mais recomendada para detectar antígenos localizados na membrana plasmática.

A especificidade do anticorpo primário é fundamental para evitar informações erradas acerca do antígeno investigado e para reduzir reações inespecíficas.

A técnica de IHQ mais utilizada é a direta, associada ao complexo avidina-biotina-enzima, formado pela ligação de uma molécula de avidina com uma única de biotina associadas a outras enzimas.

Atualmente, há disponibilidade de grande número de anticorpos para uso em tecidos fixados em formol e incluídos em blocos de parafina, permitindo o estudo de blocos arquivados por longos períodos.