Assinale com V (verdadeiro) ou F (falso) as afirmações abaixo que envolvem a análise de dados obtidos de sequenciamento de nova geração.

( ) A etapa que envolve a tradução do sinal obtido durante o sequenciamento em uma sequência de bases é conhecida como anotação de variantes. O arquivo gerado é o FASTQ.

( ) Os milhares de fragmentos de DNA sequenciados serão comparados a um genoma de referência na etapa de alinhamento de sequência.

( ) O arquivo com formato BAM de uma amostra corresponde ao arquivo comprimido gerado após o alinhamento de sequência a um genoma de referência.

( ) A etapa conhecida como "chamada" de variantes (variant calling) é utilizada para distinguir variantes verdadeiras de artefatos de sequenciamento, objetivando a identificação das variantes patogênicas e com significado clínico.

A sequência correta de preenchimento dos parênteses, de cima para baixo, é

Numere a segunda coluna de acordo com a primeira, associando as etapas envolvidas no sequenciamento de nova geração às suas respectivas descrições.

(1) Preparo da biblioteca de DNA

(2) Sequenciamento

(3) Análise dos dados

( ) Chamada de bases, alinhamento de sequências, identificação e anotação de variantes.

( ) Imobilização de cada fragmento de DNA em uma fase sólida, amplificação clonal e hibridização do primer à extremidade contendo a sequência adaptadora.

( ) Envolve PCR multiplex com primers-alvo específicos, fragmentação mecânica ou enzimática e adição de adaptadores nas extremidades.

( ) Amplificação clonal para aumentar o sinal de detecção.

A sequência numérica correta de preenchimento dos parênteses da segunda coluna, de cima para baixo, é

Considere as afirmações sobre sequenciamento de nova geração (NGS – Next-Generation Sequencing).

I - Permite a identificação de mutações germinativas e somáticas.

II - DNA circulante livre de células (cfDNA – cell-free DNA) e DNA circulante livre de células derivado do tumor (ctDNA – tumor-derived cell-free DNA) podem ser analisados por NGS.

III - A plataforma Ion Torrent (tecnologia de semicondutor) baseia-se no sequenciamento por síntese com detecção de fluorescência.

IV - É uma técnica de alto rendimento que permite a análise simultânea de inúmeras amostras.

Quais estão corretas?

O sequenciamento pelo método de Sanger permite determinar a sequência de nucleotídeos de um fragmento de ácido nucleico e consiste na separação, por tamanho, de subconjuntos de moléculas de DNA.

As alternativas abaixo apresentam componentes essenciais para realização desse método, EXCETO: