As matrizes de substituição são fundamentais para a realização de alinhamentos de sequências biológicas, e as variantes BLOSUM e PAM são o padrão em programas como o CLUSTAL W e BLAST, visto que elas modulam a taxa de substituição entre os aminoácidos e nucleotídeos que fornecem escores para as lacunas (gaps).

O alinhamento de duas sequências biológicas é um exemplo clássico de utilização da programação dinâmica, especificamente para contemplar os diferentes tipos de alfabetos de caracteres no DNA e nas proteínas.

Na anotação genômica, é fundamental o estabelecimento de relações evolutivas e funcionais com espécies afins, e a busca por ortólogos é central para os esforços de transferência de anotação funcional, o que pode ser feito por meio de buscas em bancos de dados curados com grupos de genes ortólogos, como o KEGG.

Em relação às técnicas “ômicas”, julgue os itens seguintes.

Estudos de genômica comparativa em plantas revelam que, dentro de uma espécie, enquanto os genes codificadores de proteínas são estritamente conservados, observa-se uma divergência evidente em termos de variantes estruturais nos genomas, fundamental para a determinação de características fenotípicas de interesse para a produção agrícola.

Em relação às técnicas “ômicas”, julgue os itens seguintes.

Entre as técnicas de redução de complexidade de genomas para diminuir custos de descoberta e genotipagem simultânea de milhares de marcadores genéticos estão a utilização de enzimas de restrição e seleção de fragmentos por tamanho (GBS e RADseq) e o RNA-seq.

Em relação às técnicas “ômicas”, julgue os itens seguintes.

A tecnologia Oxford Nanopore (kit R9.4) é a principal escolha nos programas de melhoramento assistido para genotipar marcadores genéticos do tipo SNP e microssatélites, por ser rápido, por não requerer amplificação por PCR e, principalmente, por poder amostrar milhares de bases em algumas leituras.

A vantagem do Linux como sistema operacional de escolha para análises bioinformáticas é a disponibilidade de diversos programas executáveis via linha de comando em um terminal de texto. Em um arquivo FASTA (seq.fas) com milhões de sequências, pode-se contar o número único de sequências com o encadeamento dos seguintes comandos de shell BASH no terminal: 'grep ">" seq.fas | sort | uniq | wc -l'.

As diretrizes FAIR (findability, accessibility, interoperability, and reusability) foram delineadas para promover o reúso de dados científicos, como a designação de identificadores únicos e persistentes não só para os arquivos de dados, mas também para metadados, que devem descrever a procedência e natureza dos dados.

Julgue os itens seguintes, que tratam de métodos e técnicas de melhoramento vegetal.

As técnicas de melhoramento de plantas podem promover o aumento da produtividade de forma sustentável e ecologicamente equilibrada.

Julgue os itens seguintes, que tratam de métodos e técnicas de melhoramento vegetal.

A heterose, ou endogamia, que decorre do cruzamento entre indivíduos contrastantes, consiste no aumento do vigor, da altura da planta, do conteúdo de carboidratos, da produtividade e da intensidade de outros fenômenos fisiológicos.