Atualmente, na prática imuno-histoquímica, o que se pretende não é a simplificação de múltiplas etapas, produzindo protocolos mais curtos sem comprometer a sensibilidade de detecção

Para uma proteína, epítopo ou determinante antigênico é um agrupamento de aminoácidos no qual o anticorpo se liga especificamente.

A imuno-histoquímica baseia-se na sensibilidade e especificidade da reação antígeno-anticorpo.

Anticorpos policlonais podem ser mais sensíveis, mas menos específicos que anticorpos monoclonais, o que se explica pelo fato de os anticorpos policlonais poderem reconhecer diferentes locais de ligação em uma única proteína, enquanto os monoclonais reconhecem apenas um único local de ligação.

O grau de susceptibilidade de uma enzima à desnaturação e à inativação varia durante o processo de fixação, sendo a peroxidase preservada somente em secções teciduais parafinadas.

O bloqueio da peroxidase endógena pode ser executado depois da adição do reagente secundário marcado com a enzima.

O bloqueio da atividade de peroxidase endógena primariamente produz resultados satisfatórios ao combinar soluções de H₂O₂ (peróxido de hidrogênio) e metanol.