Os protozoários do táxon Choanoflagellata são considerados os parentes mais próximos dos animais (Reino Metazoa). Essa semelhança estrutural e genética sugere que os coanoflagelados e os primeiros metazoários compartilham um ancestral comum, tornando os coanoflagelados importantes para o estudo da origem e da evolução dos animais.
Essas informações possibilitam relacionar diretamente o grupo dos coanoflagelados aos