A ação bactericida é atribuída à inativação de enzimas responsáveis pelos processos de produção de energia,

Desorganização estrutural e da integridade da membrana citoplasmática nas bactérias, e perda da capacidade de duplicação.

Atua como agente oxidante das ligações S-S e S-H causando desnaturação proteica e alteração da permeabilidade da membrana celular.

Em decorrência de sua configuração eletrônica, o ácido peracético possui uma forte tendência em adquirir elétrons extras, mudando para íons inorgânicos, o que o torna um agente bactericida.

São considerados agentes antimicrobianos não específicos devido à multiplicidade dos efeitos tóxicos que produzem.