A presença de lesões iniciais de cárie contraindica a aplicação de selantes, sendo o tratamento restaurador convencional a conduta mais indicada para impedir a progressão da doença.

Selantes resinosos apresentam indicação preferencial em qualquer situação clínica, independentemente da possibilidade de controle de umidade, por apresentarem maior retenção clínica a longo prazo.

A utilização do cimento de ionômero de vidro como selante é especialmente indicada em situações de difícil controle de umidade, visto que este material apresenta adesão química ao esmalte e capacidade de liberação de flúor, contribuindo para o controle da cárie.

A utilização de selantes em dentes decíduos com lesões iniciais não cavitadas apresenta baixo impacto preventivo, sendo recomendada apenas a aplicação tópica profissional de flúor como medida isolada.